Tokyo besitzt ein sehr gut ausgebautes öffentliches Nahverkehrssystem, das effizient, sauber und sicher ist. Die beste Möglichkeit, sich in der Stadt zu bewegen, bieten U- und S-Bahnen, deren Stationen und Richtungsanzeiger weitgehend auf Englisch ausgeschildert sind und so auch von Besuchern, die des Japanischen nicht kundig sind, leicht gehandhanbt werden können.

Busse stellen mit ihrer rein japanischen Ausschilderung eine deutlich größere Herausforderung dar. Wer sie benutzen möchte, sollte sich vorher eine gewisse Ortskenntnis angeeignet haben oder sich den Weg sehr genau beschreiben lassen.

Taxis sind bequeme, aber leider nicht ganz billige Fortbewegungsmittel.

Tokyos U-Bahn ist wahrscheinlich das ausländerfreundlichste öffentliche Verkehrsmittel der Stadt: Zusätzlich zu den fast durchgehend englischsprachigen Beschriftungen sind alle Linien und Züge farbcodiert und die einzelnen Stationen, zumindest im Innenstadtbereich, nummeriert. In den Stoßzeiten (morgens zwischen 7:30 und 9:00 Uhr und abends zwischen 17:30 und 19:30 Uhr) sind die Bahnen allerdings stark überfüllt, so dass man diese Zeiten, wenn irgend möglich, meiden sollte.

Das U-Bahn-System wird von zwei verschiedenen Gesellschaften betrieben: Tokyo Metro, der neun Linien angehören, und Toei, die vier Linien betreibt. Obwohl die Bahnen beider Gesellschaften zum Teil dieselben Bahnhöfe anfahren, ist das Umsteigen von dem einen in das andere System nur mit speziellen Umsteigefahrkarten oder durch Nachzahlen an den Sperren möglich.

Auch das S-Bahn-System ist unter mehrere Betreiber aufgeteilt: Der wichtigeste unter ihnen ist die staatliche JR (Japan Railways Group). Diese betreibt neben dem S-Bahnring um den Innenstadtbereich herum (Yamanote Line) unter anderem die in Ost-West-Richtung verlaufenden Chuo und Sobu Lines sowie die in Nord-Süd-Richtung verlaufende Keihin Tohoku line. Daneben gibt es noch eine Reihe von Linien privater Anbieter. Wie bei der U-Bahn ist das Umsteigen zwischen Linien desselben Anbieters problemlos möglich; wechselt man zur Linie eines anderen Anbieters, muss gesondert gezahlt werden.